DOI: https://doi.org/10.36719/2663-4619/89/320-328
Zarkhanim Aghayeva
Baku State University
RAPID DIAGNOSTICS FOR HUMAN RHINOVIRUS C
Abstract
Human Rhinovirus C infection is associated with severe exacerbations in asthmatics and has also been linked to the development of asthma particularly in young children. To date, clinical diagnosis only informs us that Rhinovirus is the cause of infection but doesn’t provide any information on the species type or etiological agent behind HRV C infections. Our research study aims to fill this research gap by developing a HRV C species specific rapid diagnostic test. To date, there is no rapid diagnostic method for HRV C identification owing to the high genetic variability within HRV C. In this project, we aimed at filling this gap by developing a novel diagnostic protocol targeting HRV C. For research, we used both conventional & Multiplex qPCR for detection of HRV C using different primer-probe combinations and optimizing reaction conditions like PCR annealing temperature and primer probe concentration. Our novel diagnostic RVC PCR was more specific for HRV C compared to the Gern PCR, as we obtained a 130 bp band specific for RVC in PCR gel electrophoresis. We also performed Real time PCR by optimizing the reaction conditions of our experiment.
Keywords: human Rhinoviruses, rapid diagnostic method, PCR, respiratory diseases, Real time PCR
Zərxanım Ağayeva
Bakı Dövlət Universiteti
zarxanim.agayeva@gmail.com
İnsanlarda Rinovirus C-in ekspress diaqnostikası
Xülasə
İnsanın Rinovirus C infeksiyası astmatiklərdə şiddətli kəskinləşmələrə və xüsusilə körpə uşaqlarda astmanın inkişaf etməsinə səbəb olur. Bu günə qədər kliniki diaqnostika yalnız rinovirusun infeksiyanın səbəbi olduğunu bildirir, lakin HRV C infeksiyalarına səbəb olan növ və ya etioloji agent haqqında heç bir məlumat vermir. Tədqiqat işimiz HRV C növünə xas sürətli diaqnostik test hazırlamaqla bu tədqiqat sahəsində boşluğu doldurmaq məqsədi daşıyır. Bu günə qədər HRV C yüksək genetik dəyişkənliyə malik olduğuna görə HRV C identifikasiyası üçün sürətli diaqnostik metod yoxdur. Tədqiqatlar zamanı biz HRV C-ni hədəfləyən yeni diaqnostik protokolu hazırlamaqla bu boşluğu doldurmağa çalışdıq. Tədqiqat üçün biz müxtəlif primer-zond kombinasiyalarından istifadə edərək HRV C-nin aşkarlanması üçün həm ənənəvi, həm də Multipleks qPCR-dən istifadə etdik və reaksiyanın şəraitini (PCR yumşalma temperaturu və primer zondun qatılığı) optimallaşdırdıq. Bizim yeni diaqnostik RVC PCR, Gern PCR ilə müqayisədə HRV C üçün daha spesifikdir, çünki biz PCR gel elektroforezində RVC üçün spesifik 130 bp diapazonu əldə edə bildik. Təcrübəmizin reaksiya şərtlərini optimallaşdırmaqla real vaxt rejimində PCR həyata keçirdik.
Açar sözlər: insan Rinovirusu, ekspress diaqnostik üsul, PCR, tənəffüs xəstəlikləri, Real time PCR